Madre de Dios ofrece una gran diversidad de flora y fauna en las diferentes áreas que se encuentran en él, como la Reserva Nacional Tambopata, en la confluencia de los ríos Torre y Tambopata, en donde la riqueza y variedad de aves es asombrosa; la reserva de Biósfera del Manu, compuesta del parque nacional del Manu donde solo se permite investigación antropológica y biológica, observación de vida y los procesos ecológicos en forma natural; la Zona reservada en la cual están permitidas las actividades turística e investigación con mínima manipulación y el Bajo Manu, zona en la que predominan las poblaciones de colonos que desarrollan actividades agrícolas, pecuarias y forestales, además se permite la realización de actividades económicas. Destacan el lago Nisisipi y Sandoval, las colpas de guacamayos de Colorado y Pariamanu, etc.